Воздействие на образец производится путем подачи импульсов напряжения на Z-сканер, которые складываются с текущим напряжением от следящей системы. Длительность импульсов должна быть такой, чтобы следящая система не успевала их отрабатывать, и образец стучал по зонду, от чего и возникает деформация образца. Но если длительность импульса будет слишком мала, сканер, который перемещает образец, не успеет отработать перемещение к зонду из-за собственной инерционности. Исходя из этого выбирается соответствующая длительность воздействия. Эта длительность указана в рекомендациях. Полное описание процесса литографии представлено в справочном разделе программы управления прибором.

В первую очередь, для проведения литографии необходимо иметь острый зонд. Остроту зонда легко проверить с помощью сканирования решеток (TGZ3 и TGT1), которые поставляются с прибором. Параметры решеток (геометрические размеры — период, глубина) Вы можете найти на коробке от решеток или по ссылке. Из сравнения топографии с реальными параметрами решетки можно сделать вывод об остроте зонда.

 
В процессе литографии на прямом проходе осуществляется нанесение рисунка на поверхность образца. На обратном проходе происходит сканирование поверхности, результат сканирования отображается в области измерений. Для литографии оптимальным усилением ОС (Feedback Gain) является 1, т.к. система ОС не должна успевать срабатывать, в противном случае расстояние между зондом и образцом будет сохраняться постоянным и силового воздействия не будет. Также и время воздействия не должно быть слишком большим.
Рекомендуемые параметры литографии:
− скорость сканирования  – 2000 нм/c;
− максимальная глубина воздействия  – от 100 нм;
− время воздействия  – 100 мкс;
− шаг между точками литографии  – 100 нм.
 
Для определения оптимальной величины взаимодействия («Сила») сначала установите ее равной 100 нм, а затем увеличивайте, пока при сканировании на обратном проходе не будет виден результат (появится рисунок). Необходимо помнить, что слишком большое воздействие может испортить зонд. Если все эти действия не принесли результата, то увеличьте усиление до 2. Также Вы можете просканировать поверхность еще раз после проведения литографии, с усилением 2 или 3. Дело в том, что при усилении 1 следящая система может не срабатывать должным образом при сканировании, однако литография будет производиться.